How come?

How come?

「なぜ？」、「どうして？」の意味。

How come you're here?

「あれ？どうしてここにいるの？」となります。
話言葉なので主に会話で使われます。

Why are you here?

「なぜここにいるんですか？」という意味。
Whyを使うといることに対してやや否定的な印象を与えます。

Why not?

この場合も「なぜやらないの？」「なぜそうでないの？」といった印象です。

What's the reason for your being here?

こうすれば否定的にはならないと思います。